20世纪至独立

1942年至1945年，日本人侵占了沙巴州。日军先抵达纳闽岛，然后继续攻打整个北婆罗洲。同盟军的轰炸机炸毁所有城市。日军完全侵占本州后，产生了抗日组织"神山游击队"，由郭益南(Albert Kwok)建立;而在古达，另一支游击队由敦姆斯达发建立(Tun Datu Mustapha)。1943年10月10日，郭益南的部队开始与日军交战。亚庇市亚庇国际机场正对面有一座Petagas战争纪念碑。

日军投降时，北婆罗洲再度被英军占领。1946年，英属北婆罗洲特许公司将北婆罗洲统治权交给英国，北婆罗洲正式成为英国海外属土。北婆罗洲的首都由山打根迁至亚庇。1963年8月31日，北婆罗洲摆脱英国统治独立。但之后是一段过渡时期，英属北婆罗洲总督留在北婆罗洲至1963年9月16日，即马来西亚联邦成立当天。